È passato circa un anno da quando il Re degli Eroi GaoGaiGar ha scongiurato la meccanizzazione dello spazio da parte di Z Master. Nonostante l’assenza di Mamoru e Galeon, la GGG e Gai Shishioh hanno continuato a compiere la loro opera di difesa del pianeta. In lotta con le organizzazioni criminali vi è inoltre un’altra organizzazione, la Chasseur, nella quale milita Renais Kerdif-Shishioh, cugina di Gai e figlia adottiva di Raiga Shishioh. Obbiettivo della Chasseur è combattere l’organizzazione BioNet, la quale sfrutta la cibernetica per compiere azioni criminali. Le strade della Chasseur e della GGG si incrociano quando l’organizzazione di difesa terrestre è intenta a recuperare una parte delle misteriose Q-Parts, precipitate sulla Terra mesi addietro. Gai, il quale dopo la battaglia finale è diventato un Evoluder (un essere umano potenziato dal potere della G-Stone), torna così sul campo di battaglia a bordo di un nuovo robot: GaoFighGar. Nel frattempo in Giappone, Kaidō Ikumi (Arma) viene salvato dalla piccola Hana al termine di un combattimento contro un ragazzino uguale in tutto a Mamoru. Quest’ultimo poco tempo dopo fa irruzione alla Orbit Base e ruba la Q-Part, togliendo la vita alla giovane operatrice della GGG Papillon. Gai si lancia all’inseguimento e dopo un epico scontro che vede GaoFighGar e GaoGaiGar contrapposti, si scopre che il ragazzino è in realtà un replicante di Mamoru e che una nuova e pericolosa minaccia sta per mettere in pericolo l’universo intero: gli 11 Signori Planetari di Sol (ソール11遊星主 Sol Jūichi Yūseishu), esseri simili a Latio e Arma, capeggiati dal pericoloso Palpalepa. La presa di possesso delle Q-Parts da parte del nuovo nemico ha creato uno squilibrio capace di far collassare l’universo intero e l’unico modo per contrastare Palpalepa è recarsi nel Sistema Solare dei Tre Soli. Nonostante il tentato boicottaggio delle Nazioni Unite, la GGG riesce a partire per lo spazio con l’obiettivo di ritrovare il vero Mamoru e Soldato J. Riuscirà Gai a sventare la nuova minaccia? Nella battaglia per il destino dell’universo, un nuovo e più potente Re degli Eroi è destinato a nascere e combattere grazie alle facoltà Evoluder di Gai.